1. Đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài trên 49%, được thành lập ngày trước khi Nghị định số 86/2014/NĐ-CP ngày 10/9/2014 của Chính phủ có hiệu lực thi hành từ ngày 01/12/2014 thì được Sở Giao thông vận tải cấp phù theo hướng dẫn tại Văn bản số 4000/BGTVT-VT ngày 12/4/2016 của Bộ Giao thông vận tải, hồ sơ đề nghị cấp phù hiệu gồm: (1) giấy đề nghị cấp phù hiệu theo mẫu tại phụ lục số 24 của Thông tư 63/2014/TT-BGTVT ngày 07/1/2014 của Bộ Giao thông vận tải; (2) bản sao kèm bản chính để đối chiếu hoặc bản sao có chứng thực của Giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật và vệ sinh môi trường; (3) bản sao kèm bản chính để đối chiếu hoặc bản sao có chứng thực của Giấy đăng ký xe ô tô thuộc sở hữu của doanh nghiệp; (4) bản sao kèm bản chính để đối chiếu hoặc bản sao có chứng thực của Giấy chứng nhận đầu tư của doanh nghiệp; (5) danh sách phương tiện đề nghị cấp phù hiệu; (6) bản cam kết sử dụng ô tô vận tải hàng hóa của doanh nghiệp phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp và không kinh doanh vận tải hàng hóa.
Về thời hạn của phù hiệu cấp cho doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài trên 49% theo chỉ đạo của Bộ Giao thông vận tải có giá trị 07 năm và không quá niên hạn sử dụng của phương tiện.

2. Đơn vị vận tải hàng hóa có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài trên 49% không có Giấy Chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc có Giấy Chứng nhận đầu tư sau thời điểm Nghị định số 86/2014/NĐ-CP có hiệu lực thi hành
Theo quy định tại Hiệp định chung về Thương mại dịch vụ và các Cam kết gia nhập WTO của Việt Nam quy định như sau: “...kể từ ngày gia nhập, các nhà cung cấp dịch vụ nước ngoài được cung cấp dịch vụ vận tải hàng hóa và vận tải hành khách thông qua hợp đồng hợp tác kinh doanh hoặc liên doanh trong đó tỷ lệ góp của phía nước ngoài không quá 49%. Sau 3 năm kể từ khi gia nhập, tùy theo nhu cầu thị trường, được phép thành lập liên doanh để cung cấp dịch vụ vận tải hàng hóa, trong đó tỷ lệ vốn góp của phía nước ngoài không được vượt quá 51% và 100% lái xe của liên doanh phải là công dân Việt Nam.".
Do vậy, trong trường hợp này doanh nghiệp có tỷ lệ vốn góp của phía nước ngoài vượt 49% thì trong Giấy chứng nhận đầu tư không có mã ngành kinh doanh vận tải theo quy định nên không được Sở Giao thông vận tải cấp Giấp phép kinh doanh vận tải bằng xe ô tô; đồng thời trường hợp này cũng không thuộc đối tượng được thực hiện theo Nghị quyết số 23/NQ-CP ngày 30/3/2016 của Chính phủ.

3. Đơn vị vận tải hàng hóa có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài trên 49% không có Giấy Chứng nhận đăng ký đầu tư, nhận sáp nhập một số doanh nghiệp đã được Sở Kế hoạch và Đầu tư cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trước thời điểm Nghị định số 86/2014/NĐ-CP có hiệu lực thi hành. Đơn vị vận tải hàng hóa có vốn đầu tư nước ngoài này đã được Sở Kế hoạch và Đầu tư cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp Công ty TNHH một thành viên sau thời điểm Nghị định số 86/2014/NĐ-CP có hiệu lực thi hành.
Đối với trường hợp này, do các doanh nghiệp có vốn đầu tư trực tiếp nước ngoài trên 49% hoạt động trước khi ban hành Nghị định số 86/2014/NĐ-CP thì không là đối tượng phải cấp Giấy phép kinh doanh vận tải. Tuy nhiên, theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 20 của Nghị định số 86/2014/NĐ-CP thì đơn vị kinh doanh vận tải có các phương tiện này thuộc đối tượng phải cấp Giấy phép kinh doanh vận tải và phương tiện phải cấp phù hiệu.
Mặt khác, theo quy định tại Hiệp định chung về Thương mại dịch vụ và các Cam kết gia nhập WTO của Việt Nam quy định như sau: “.. .kể từ ngày gia nhập, các nhà cung cấp dịch vụ nước ngoài được cung cấp dịch vụ vận tải hàng hóa và vận tải hành khách thông qua hợp đồng hợp tác kinh doanh hoặc liên doanh trong đó tỷ lệ vốn góp của phía nước ngoài không quá 49%. Sau 3 năm kể từ khi gia nhập, tùy theo nhu cầu thị trường, được phép thành lập liên doanh để cung cấp dịch vụ vận tải hàng hóa, trong đó tỷ lệ vốn góp của phía nước ngoài không được vượt quá 51% và 100% lái xe của liên doanh phải là công dân Việt Nam.".
Do vậy, khi doanh nghiệp có tỷ lệ vốn góp của phía nước ngoài vượt 49% thì trong Giấy chứng nhận đầu tư không có mã ngành kinh doanh vận tải theo quy định nên không thực hiện được cấp Giấp phép kinh doanh vận tải bằng xe ô tô.